La primera referència documental de la vall de Baiasca és del 8 de juliol de 1443, quan el comte-rei Alfons el Magnànim ordena que aquesta vall, que pertanyia a la família Bellera, estigui a l’obediència del comtat del Pallars. Aquest document és molt posterior a la data de construcció i decoració de l’església.

L’església de Sant Serni de Baiasca és un edifici que ha sofert moltes modificacions durant la seva història. De la construcció romànica només es conserva l’absis i la cripta, mentre que la resta de l’edifici que veiem actualment respon a reformes dels segles XVII i XVIII.

La primera menció del temple no la trobarem fins a l’any 1587, en una visita pastoral.